این انیمیشن داستان زندگی شخصیت گربه ی شمشیرزن سری انیمیشن های «شرک» را به تصویر می کشد. ماجراهایی که نهایتا او را به سمت شرک و دوستانش هدایت می کند.

چهار حیوان که دیگر از بودن در باغ وحش خسته شده‌اند، تصمیم به فرار می گیرند و به طور ناخواسته با چهار پنگوئن همراه میشوند. بعد از گذراندن ماجراهایی، آن‌ها خود را در ماداگاسکار می یابند.

پنگوئن های ماداگاسکار مثل قبل ماموریتی را در پیش رو دارند و باید جلوی کسی را که قصد دارد دنیا را نابود کند، بگیرند.

مگامایند که یک تبهکار نابغه است، بعد از کشتن قهرمان محبوب شهر، کم کم حوصله‌اش سر می رود، زیرا دیگر حریفی برایش باقی نمانده تا با او بجنگد. از این رو تصمیم به ساختن یک قهرمان جدید، بنام تیتان می گیرد. اما تیتان بجای اینکه از قدرتش در راه خیر استفاده کند، کمر به نابود کردن دنیا می بندد و مگامایند مجبور میشود برای اولین بار در عمرش دنیا را نجات دهد.

حیوانات قصد دارند به باغ وحش نیویورک بازگردند، اما با سقوط هواپیما در طبیعت وحشی آفریقا، آن‌ها با حیواناتی از نوع خودشان آشنا میشوند، و الکس والدینش را ملاقات میکند.

چهار حیوان به نامهای «آلکس (شیر)»،«مارتی (گورخر)»،«ملمن (زرافه)» و «گلوریا (اسب آبی)» در قسمت جدید هم در تلاش هستند تا به باغ وحش نیویورک برگردند و در راه برگشت در حالی که از اروپا می گذرند برای اینکه کمتر جلب توجه کنند،‌ به یک سیرک سیار می پیوندند...