داستان سریال «شوگان» در قرن هفدهم میلادی در خلال جنگ داخلی که بین گروه های مختلف بر سر به قدرت رسیدن جریان دارد، روایت می شود. در همین حین کشتی دریانورد انگلیسی به نام جان بلکثورن پس از حادثه ای مجبور به پهلو گرفتن در دهکده ای کوچک می شود، لرد توراناگا متوجه این موضوع شده و سعی می کند که با ارتباط و اتحادی که با جان برقرار می کند، تراز قدرت را در بین گروه های رقیبش در ژاپن بهم بزند و جدی ترین رقیب خود در هیئت سلطنت یعنی لرد ایشدو را کنار بزند...

پس از زنده ماندن از حمله گودزیلا به سانفرانسیسکو، کیت در پی برملا شدن یک راز تکان دهنده،وارد یک ماجراجویی جهانی می‌شود تا حقیقت را درباره خانواده‌اش و سازمان مرموز معروف به مونارک (یک سازمان علمی مخفی که در نظارت و مشاهده بر تایتان هایی مانند گودزیلا و بسیاری دیگر تخصص دارد) را کشف کند.

سایفر برای انتقام گیری از دام و تیمش از برادر کوچکتر دام یعنی جیکوب، کمک می گیرد.

این سریال داستان امید و رویاهای یک خانواده ی مهاجر کره‌ای را در چهار نسل به تصویر می‌کشد که در تلاش برای زنده ماندن وطن خود را ترک می کنند…