داستان ۴ لاک پشت جهش یافته و شبه انسان است که نینجوتسو رو از یک موش که مانند خودشان جهش‌یافته و شبه انسان است ، می آموزند. آنها در فاضلاب نیویورک زندگی می کنند و به مبارزه با افراد شرور می پردازند.

داستان یک دانش آموز سال آخر دبیرستان به نام موریتاکا ماشیرو که همچون بقیه دوست دارد یک زندگی نسبتاً معمولی داشته باشد, اما یک روز یکی از همکلاسی‌اش به نام آکیتو تاکاگی، او را متقاعد می‌کند تا...