در دوران خشونت‌آمیز به نام باکوماتسو، یک قاتل ایشین وجود داشت که فقط به نام هیتوکیری باتوسایی شناخته می‌شد، که مهارت و بی‌رحمی‌اش در عصر بازسازی که او در ساخت آن کمک کرد، تقریباً افسانه‌ای شد. با این حال، با نزدیک شدن به زمان جنگ، او بدون هیچ اثری ناپدید شد، اما یازده سال بعد به عنوان یک شمشیرزن سرگردان، هیمورا کنشین، دوباره ظاهر شد.

آینده کره زمین توسط موجوداتی هیولا شکل که به «فرشته» معروف هستند، تهدید می شود. یک سازمان امنیتی بنام NERV برای مقابله با این تهدید گروهی از خلبانان جوان را به کار گرفته است...

داستان درباره شاهزاده سابق بریتانیا، لولوچ لامپروژ است که صاحب قدرت فوق‌العاده‌ای به نام گیاس می‌شود و تصمیم می‌گیرد از این نیرو برای نابودی امپراتوری مقدس بریتانیا استفاده کند ...