مردان ایکس هم اکنون به عنوان قهرمانان عمومی شناخته می شوند و همدردی عمومی نسبت به جهش یافته ها افزایش یافته است. بیشاپ نیز به تیم ملحق شده است و مگنیتو وارث میراث پروفسور ایکس می شود.اما طولی نمی کشد که آنها مانند گذشته به چالش کشیده می‌شوند و مجبور می‌شوند با دشمنی خطرناک و آینده ای غیرمنتظره‌ روبرو شوند.

داستان در دوره ادو ژاپن و چندین دهه پس از یک سیاست انزواطلبی سختگیرانه که تمام خارجی ها را از عبور از مرزهای کشور منع کرد، اتفاق می افتد. جریانات حول و حوش شخصیتی به اسم میزو (سامورایی چشم آبی) روایت می شود. میزو به دنبال انتقام از دشمنانش، راهی سفری طولانی به سراسر ژاپن می شود...