داستان برج خدا حول محور پسری به نام «بَم بیست و پنجم» جریان داره که بیشتر زندگیش رو درحالی که زیر یک برج بزرگ و مرموز زندانی بوده، به همراه دوست نزدیکش، «ریچیل»، گذرونده. وقتی ریچل وارد برج میشه، بَم هم موفق میشه که درش رو باز کنه و حین این که میخواد دوستش رو پیدا کنه، روی هر طبقه با چالش‌های جدیدی رو به رو میشه.

یک عروسک‌ساز پر امید به‌نام واکانا گوجو که در کودکی توسط دوستش که علاقه او به عروسک‌های سنتی را درک نمی‌کرد آسیب روحی روانی دیده، حالا روزهای خود را در تنهایی سپری می‌کند تا اینکه.