داستان برج خدا حول محور پسری به نام «بَم بیست و پنجم» جریان داره که بیشتر زندگیش رو درحالی که زیر یک برج بزرگ و مرموز زندانی بوده، به همراه دوست نزدیکش، «ریچیل»، گذرونده. وقتی ریچل وارد برج میشه، بَم هم موفق میشه که درش رو باز کنه و حین این که میخواد دوستش رو پیدا کنه، روی هر طبقه با چالش‌های جدیدی رو به رو میشه.

داستان بیست هزار سال پس از تصاحب زمین توسط گودزیلا رخ می‌دهد، زمانی که گروهی درمانده از پناهجویان قصد دارند دوباره در زمین ساکن شوند، اما در میان آن‌ها پسری وجود دارد که به دنبال انتقام است.

عموی تکافومی پس از 17 سال کما از خواب بیدار می شود. او در واقع به دنیای دیگری رفته بود و با قدرت های جادویی بازگشته است. اما اکنون که او بازگشته است، تاکافومی باید به او کمک کند تا در دنیای خود زنده بماند.

در مأموریتی برای کشف تمام مهارت‌های آشپزی جهان، آرزوی نهایی زندگی سوماً یوکیهیرا، تبدیل شدن به آشپزی ماهر حتی فراتر از پدرش بود.. او در رستوران پدر خود در حال کار است و از یوکیهارو فارغ التحصیل میشه ، یک روز پدر او یوکیهیرا جویچیرو تصمیم به بستن رستوران خود می گیرد تا در اروپا آشپزی کند در حالی که او لگدمال شده بود ، روحیه سست شده سوما پا به مبارزه طلیده شدن توسط فارغ التحصیل نابغه کالجی به نام جویچیرو دوباره زنده شد . آیا او می تواند پیروز شود ؟ در آکادمی که در سال تنها ۱۰% از دانشجو هاش قبول می شود.